Der Fluss von Produkten durch die Fertigung wird in MMS mit Hilfe von logischen Produktionsschritten modelliert. Wenn ein Produkt einen bestimmten Punkt in der Linie passiert, so kann ein Schrittwechsel (auch Statuswechsel genannt) ausgelöst werden. Die Verwaltung von Produktionsschritten ist Aufgabe des Sequenzrechners. Der Sequenzrechner übermittelt Schrittwechsel an weitere Systeme, wie z.B. den Logistikrechner, der mit dieser Information z.B. Sequenzabrufe, Materialabrufe oder retrograde Buchungen veranlasst.

MMS synchronisiert die Produktionsschritte aller Aufträge mit dem Sequenzrechner. Aufträge können sich auch in Planungsschritten befinden. In diesem Fall entspricht dem Auftrag noch kein Blech in der Anlage. Jedem Auftrag wird eine je Schritt eindeutige Produktionssequenz zugeordnet. Aufträge werden von MMS üblicherweise in aufsteigender Reihenfolge der Sequenznummern im Planungsschritt in den nachfolgenden Produktionsschritt eingesteuert.

Die Einsteuerung von Aufträgen kann je nach Gewerk nach verschiedenen Regeln erfolgen. In der Fahrzeugendmontage ist z.B. die Perlenkettensequenz strikt einzuhalten und von MMS prozesstechnisch abzusichern. In der Lackiererei ist meist eine Pulkbildung erforderlich, während der Rohbau oft nach Pufferfüllständen und dem Produktmix gesteuert wird.

Am Beginn des Gewerks ist es normalerweise erforderlich, das Blech zu kennzeichnen, indem ein Zettel, welcher die Auftragsnummer enthält ausgedruckt und angebracht wird. Ebenso ist meist ein Identifikationsmedium (z.B. RFID-Transponder) mit dem Auftrag zu verheiraten.

MMS sorgt für eine geordnete und sichere Einsteuerung von Aufträgen in die Linie. Hierdurch werden Verwirbelungen vermieden und die Einhaltung der Perlenkette sichergestellt.